夜樱家的大作战：高中生朝野太阳因为家人的意外过世而恐惧与他人来往，仅有青梅竹马夜樱六美能与他正常对话，两人的关系引起六美的哥哥凶一郎不满。夜樱六美是间谍家族夜樱家的女儿，而凶一郎则是世上最优秀的间谍之一，他因为过去的失误而对六美过度保护，并将靠近六美的外人全都打个半死。为了保住太阳的性命，太阳和六美结婚，成为夜樱家的成员。夜樱家是江户时代著名的忍者世家，家族中的成员都身怀绝技，在这当中诞生出的普通人则会被奉为“当家”，身为夜樱家第十代当家的六美自小便屡遭暗杀，太阳开始锻炼自己以求能守护六美的安全，同时也和凶一郎以外的家人打好关系，并对付了几个不法之徒。